問題五：城市化率大幅度提高，但城鄉二元結構突出
2008年中國城鎮化率提高到45.7%，城鎮人口增加到6.07億，城市化率以每年接近1個百分點的速度增長。但是城市化提速的同時，農村問題也日益突出，優質耕地大量流失、農業經營者老齡化、兼業化，留守兒童增加，城鄉收入差距拉大等等。同時，中國從90年代以來的高速工業化進程，吸納了數億農村勞動力到城市就業，但這些人口並沒有真正融入城市。一些大城市的城鄉結合部“棲息”著大量流動人口，身份差異帶來的歧視、群體衝突加劇等，積累了諸多社會問題。
城市化的本質是人口的城市化，通過農村人口到城市從事非農經濟活動，一方面提高了要素配置效率，增加了國民財富；另一方面也因此融入城市化進程，分享現代城市文明。因此，“十二五”期間，中國城市化的主要困難是農民工的市民化。通過體制機制的設計，真正解決“兩棲人口”問題，實現工作人口變成工作和社會人口。
問題六：節能減排成績顯著，但生態文明建設壓力較大
“十一五”規劃把節能環保作為約束性指標提出，並將具體指標分解到各個地方作為政績考核的重要指標。中國採取大力淘汰落後產能、推廣節能減排新技術等一系列措施，主要污染物的2個約束性指標基本完成。據測算，“十一五”單位GDP能耗降低20%的目標亦能完成。
但同時我們應該看到，生態環境狀況出現局部改善，能源資源和環境壓力對發展的制約總體上還沒有緩解，有些方面仍在加劇。中國工業能耗佔全國能源消費總量的70%，石油、鐵礦石、鋁土礦、銅礦的對外依存度越來越高（超過50%），中國政府已經提出2020年單位國內生產總值二氧化碳排放比2005年下降40%－45%的約束性指標，實現這個目標需要付出巨大努力。
問題七：市場經濟體制日趨完善，但改革任務艱巨
在“十一五”規劃中，行政管理體制改革是改革的關鍵和重點。隨著市場經濟體制改革的不斷深入，行政體制改革有所進展，但仍沒有實質性突破。例如，資源性產品價格形成機制還沒有理順；國有經濟戰略性調整尚未到位，壟斷行業改革進展緩慢；政府對微觀經濟活動干預過多，公共服務和社會管理職能還比較薄弱等。特別是為了應對金融危機，防止經濟下滑，中國宏觀經濟運行中出現了“重發展、輕改革，重政府、輕市場”的趨勢，嚴重制約了市場機製作用的發揮。因此，“十二五”時期，中國要實現發展方式的轉型、深化收入分配體制改革、形成公平與可持續發展的體制機制、實現城鄉一體化的發展都有賴於體制的進一步創新與改革的深入推進。
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