反恐立法遭受司法質疑。“9?11”恐怖事件發生後，美國加強了對邊境、交通、航空器和簽證核發的管理和監督，加強了對美國境內各類合法和非法移民的監控，整體上收緊了美國對世界開放的政策，制定了一系列明確而實用的反恐立法。特別是2001年10月通過的《愛國法》一度以“愛國反恐”的名義侵蝕公民權利，允許政府未經司法機關審查對特定公民進行秘密監視（sneakandpeek），引起整個社會的激烈爭論，許多地區法庭宣布這些“秘密監視”的“愛國條款”違憲，有8個州和近400個城市通過自己的法令譴責《愛國法案》侵犯人權，民意調查也顯示美國公民對《愛國法案》的支持連年下降。2006年3月美國兩院更新《愛國法案》時，只好順應民意不再更新其中最有爭議的部分。
反恐機制仍然漏洞百出。在推進反恐立法的同時，美國注重全面整合其政治、經濟、軍事、情報、信息、金融和法律等力量，建立起了以美國國土安全部為中心的環狀保護網，構成本土縱深防禦體系和反恐運行機制。國土安全部成立後，美國的安全檢查和部門協調有明顯增強。當然，統一以後的國土安全部仍然面臨不少挑戰，比如內部20多個部門的協調問題，融合不同的組織文化的消化問題以及官僚機構內部的紛爭等。特別是重組將海岸警衛隊等軍方機構參與國土防禦，如何協調內閣機構和軍方的關係，持續加強本土反恐體系的建設和完善，顯然是一個前所未有的挑戰。
反恐預算正在拖垮財政。“9 11”事件發生後，為全力打擊恐怖主義，美國加大了對反恐鬥爭的預算，一次性撥款250億美元作為反恐專項經費。2003財年，用於反恐戰爭的軍事開支為 270億美元，用於國內安全的開支為377億美元（比2002年度195億美元增長將近一倍）。此後，隨著反恐戰爭開打，巨額反恐支出已經超過美國財政承受能力。十年反恐讓美國支付了至少 3.7萬億美元。近年來，美國國內已經大量湧動批評政府浪費反恐經費的聲音，要求縮減反恐支出，不過效果不大，美債危機已經成為制約美國國家能力的難題。
反恐預防依舊形勢嚴峻。情報失靈和忽略情報分析，成為“9 11”事件後美國輿論對情報界的批評重點，也是整個美國情報界確實存在的問題。為此，美國政府下決心對情報界進行全面和徹底的改革，調整部分現有的情報機構，並成立新的國家級情報機構。通過《情報機構改革法案》，設立一個統管全國 15個情報機構的國家情報局長職位，成立國家反恐情報中心，加強情報系統的統一領導與協調，建立全國反恐中心，加強邊境口岸安全，如增設邊境巡邏人員、加強對航空旅客行李的檢查等。儘管此次改革使得美國反恐情報能力有所提升，但幾次恐怖事件表明，美國反恐情報工作依然滯後於形勢發展的需要。
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