日菲兩國在聯合聲明中表示，兩國要召開多層次的政策對話。“利用區域和多邊會議機會，經常性舉行高級別對話。將副部長級政策對話升級為副部長級戰略對話，對話涉及海洋問題、打擊恐怖主義和國際有組織犯罪、聯合國改革、裁軍和核不擴散、環境與氣候變化等。兩國決定在2012年上半年在菲律賓舉行第五次日菲政治與軍事對話，以及兩軍對話。”聲明還提出，兩國將作為美國的同盟國在11月的印度尼西亞東亞峰會上密切合作。
野田佳彥表示，希望雙方能在區域合作的框架內密切合作，對地區穩定和繁榮做出貢獻。阿基諾三世則強調，雙方在多國際問題上達成共識。
對此劉江永分析，“日本現在不僅加強了日美同盟，還試圖打造美日澳印四角關係，現在又想把菲律賓拉進來，這是中國需要注意的新動態。”
在海事領域合作方面，日菲在聯合聲明中表示要加強兩個共享海上交通線的島國在海事領域的雙邊合作，共同應對索馬里海盜對於海上航行安全的嚴重威脅。阿基諾三世認為日本在亞丁灣的護航行動，對菲律賓船隻的航行有益。此外兩國還希望加強打擊亞洲海域的海盜與武裝搶劫。兩國都對今年9月9日首次舉行的日菲海洋與海事對話感到歡迎，希望加強各自海事機構的合作，日本海上保安廳與菲律賓海岸警衛隊除了要增加互訪，日本還會提供相應的培訓。
楊伯江分析:“日本一直以來就對捲入南海問題有興趣，這也是菲律賓與日本互動的結果，但日本介入南海非今日開始，比如日本早就加強了與越南的聯繫，交流、援助近年來不斷加大，比如政府開發援助(ODA)投資越南份額增大，前兩年日本皇太子還訪問了越南，在日本外交領域，皇室成員出訪具有很高規格，而日本至今還未實現皇室成員訪問韓國。”阿基諾三世在與野田佳彥會晤後向媒體表示，他期盼日本明仁天皇或其他皇室成員訪問菲律賓。
“值得關注的是，日本在ODA使用上出現微妙變化，日語裡的開發一詞，中文對應詞匯是(經濟)發展，日本利用ODA來為菲律賓的海岸警衛隊通信系統設備升級，與其以往援助項目多用於發展經濟不同，因為菲律賓海岸警衛隊必然會出現在南海爭議區域，這就會牽扯到中國。”楊伯江認為日本在ODA使用問題上“有點變味了”。
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