其中九年一貫的課綱修訂完成後，就在扁政府卸任之前，以迅雷不及掩耳的方式，由杜正勝公告。當時對高中課綱原本也要比照辦理，但手續稍微晚了一點，沒能來得及上路，扁政府就卸任了。
2008年5月20日馬政府上台，才上任四天，因為九年一貫課綱已在稍早公告，所以當時馬政府的教育部鄭瑞城部長，胡裏胡塗地就宣佈九年一貫課程將正式實施。當時社會並沒有注意到這件事，大家都還沉醉在對新政府的期待中，以為它一定會“撥亂反正”。萬萬沒想到，這個時候，馬政府已經為扁政府的“一邊一國”課綱背書了。
隨後，因為高中的“九八課綱”也實施在即，教育部必須儘速完成法定程式，鄭瑞城原本要將扁政府時修訂的“九八課綱”原封不動地推出。此時引起了我們一些關心歷史教科書朋友們的注意。當時兩岸統合學會的朋友串連了一些人，經過了兩三個月的努力，終於迫使鄭瑞城暫不公佈國文和歷史兩個課綱，並重新修訂。當時鄭瑞城保證會在半年內完成該項工作。
但是從2008年11月鄭瑞成部長宣佈重修文史課綱後，歷經四個月卻沒有組成課綱小組。後來在各方壓力下，被迫組成了小組，但多數成員仍然都是扁政府時代課綱小組的原班人馬，銜馬“總統”之命加入小組的王曉波教授，反而是綠叢中的一點異數。
在這樣的人事結構下，整個2009年可謂是除了吵鬧以外，一事無成。王曉波使盡技巧，想辦法拖住決議，以免整個課綱仍照原來“九八課綱”的內容通過。
師範大學歷史學教授王仲孚教授是如何看待原本的“九八課綱”。2009年2月13日，王教授在出席監察院諮詢會議時稱，“九八課綱”已經違背了憲法精神。他說：“歷史課綱把數千年中國歷史濃縮成一冊，課時僅有一學期每週二節而已，更為嚴重。中國史的課時，還不如英國殖民地時代的香港高中。也不如馬來西亞的華文中學。其他具體事例不勝枚舉。例如：台灣史‘日據時期’（硬性規定必須用‘日治時期’）需用日本天皇紀年；中國史不僅大砍課時，且行文不准使用‘我國’；武昌起義必須改為中性名詞‘起事’；強調1943年‘開羅會議’無效，台灣地位未定。凡此，皆背離國家立場與主體性，也違反憲法精神。嚴格地說，這是違憲的課綱亦不為過”。
直到2010年，吳清基部長改聘了一些立場公正的學者，稍為平衡了人事結構後，小組才終於有了一些進度。
即使如此，還是經過了好幾個月，直到2010年的下半年，才終於完成整個修訂工作，端出了我們現在看到的課綱版本。但是，很不幸的，整個課綱只在一些枝節問題上做了修正，修正的部分包括：第一，王曉波堅持加入一些史料，來證明中國在三國時代就已經發現了台灣。第二，王曉波也堅持在寫日本殖民時期的歷史時，要加入更多台灣同胞抗日的敘述等。第三，王曉波也要求在課綱中註明，中國史在1949年之後之所以只寫中共的歷史，是因為“中華民國”的部分，已經寫在了台灣史之中了。第四，去除“台灣地位未定論”的論述，確定台灣屬於中華民國。第五，把“中國史”課時增加為一個半學期。。
這樣的修正當然並沒有真正動搖原本“一邊一國”、“一邊一史”，以同心圓精神來撰寫的殖民史觀。特別是前面說的第三點，在課綱裡註明為什麼“中國史”中不講1949年後的“中華民國”，在實際的教學上其實是沒有意義的。課綱中即使有這樣的“註明”，但是在編寫教科書的實質內容時，是不會把這個“註明”寫進去的。所以學生讀到的教科書，仍然是個清楚的“一邊一國”架構。
整體而言，馬政府對原來“九八課綱”的修訂，並不認真，王曉波雖然做了很大的努力，已經很不簡單，但是所有的修改只是觸及歷史的細節問題，而沒有調整原有的殖民史觀與同心圓理論的順序脈絡。王曉波有他的難處，他自己也承認是只有做到“撥亂”，而無法“反正”。“反正”需要的是領導人與執政團隊的清楚認識與決心。
經過了上面這一冗長的過程，歷史課綱一直到2011年上半年才終於完成了全部程式，公告實施。然而隨著“總統”選舉的展開，在勝選的考量下，國民黨也避免碰這個問題，我們對於教科書的批評，得不到社會的重視，在擔心馬英九選情的考量下，大多數人選擇了暫時停止批評，一切等待馬當選再說。
馬英九贏得了選舉，但是新的“九八課綱”也即將於今年九月份正式上路。結果會是如何？依照王曉波引述郝伯村前院長的看法，他看了他孫女的教科書以後，說了一句：“我不成了亡國之人了嗎？”
我們就來看看這個即將上路的歷史教科書課綱是如何書寫。
教科書書寫方式：將中國史視為“他者”的歷史
新的歷史教科書課綱的脈絡結構是以台灣－中國－世界的順序書寫，即先講“台灣史”、再講“中國史”，最後講“世界史”。將台灣放在世界與東亞，而不是放在以往為“本國史”，現在稱之為“中國史”的脈絡中來書寫。
“台灣史”課程分為四個單元，分別為“早期台灣”、“清朝統治時期”、“日本統治時期”、“中華民國時期：當代台灣”四個單元。“早期台灣”又分為“十六世紀中葉以前的台灣與原住民”、“國際競爭時期”、“鄭氏統治時期”。
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