由於資金緊張，最初的雙方實際出資只有2000萬元，其中中企煤電工業有限公司出資980萬元。
隨後，經過漫長的報批階段， 2009年9月28日，嘉南鐵路舉行奠基儀式。
與此同時，嘉南鐵路公司一邊卻也在進行著資本和股權的一系列閃轉騰挪。
該公司的工商年檢資料顯示，2006年嘉南鐵路公司的營運狀況是“投產開業”，其資產總額為1900萬元；而到了2007年，其資產總額增至為3200 萬元；到了2008年，其公司的營運狀況由“投產開業”變成 “籌建”，而此時其總資產升至為1.45億元。在此期間，公司無任何營業收入。
2008年2月，公司股權發生變動，中企煤電工業有限公司突然退出，將其所占49%的股份賣給了裕豐實業，由此該公司股權變更為裕豐實業控股95%，而另一家本地企業晉城市展傑工貿有限公司占股5%。
半年後，股權再次發生變更。丁書苗再次入股，其控制的中昶國際投資從裕豐實業手中再次購買股份，控股75%，裕豐實業則掌握餘下的股權。
據一位曾經接觸過丁書苗的行業人士稱，嘉南鐵路公司雖然不斷進行眼花繚亂的資本運作，但依然難掩其資本金嚴重不足的窘境，而其之所以頻繁進行股權變換，一方面可能出於躲避債務風險的考慮，另一方面可能也是希望從金融系統融得更多的資金。
然而，與該鐵路建設所需23億元投資相比，嘉南鐵路公司的注册資金依然是杯水車薪。
為此，2010年1月23日，嘉南鐵路有限公司與中鐵十二局簽訂BT投融資建設回購合同，標誌嘉南鐵路正式進入實施階段。
所謂BT模式，是政府利用非政府資金來進行基礎非經營性設施建設項目的一種融資模式，是指一個項目的運作通過項目公司總承包，由項目公司融資、建設，待驗收合格後移交給業主，業主向投資方支付項目總投資加上合理回報的過程。
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