1.島礁法律地位的證據不符合“同時期標準”
本案中，為證明美濟礁、仁愛礁、渚碧礁、南薰礁和西門礁等五處岩礁屬於低潮高地，菲律賓到目前為止並沒有提交任何一項符合“同時期標準”（contemporary criteria）的證據。
在尼加拉瓜訴哥倫比亞一案中，國際法院認為與案件相關的證據應是“同時期”的證據。在考察在Quitaueno是否存在自然形成的高於高潮水位的地面時，法院沒有采納多年前的測量結果，而是採用了近年形成的Smith Report和 Admirality Totol Tide作為定案依據（見國際法院Nicaragua v. Colombia一案報告，2012年，第35至38段）。
2.菲律賓採用的高潮測量法不適用南沙群島
本案中，菲律賓指定的地理學專家採用“最高地理大潮法”（Highest Astronautics Tide）確定高潮水位。NASA肯定了這種方法在測量超過200米深度水域高潮水位時的準確性，但否定其在淺水水域測量的準確性。
在尼加拉瓜訴哥倫比亞一案中，幾乎所有採用這種方法獲得的測量結果都被法庭修正（見國際法院Nicaragua v. Colombia一案報告，2012年，第37至38段）。
本案中，南沙群島所在海域屬淺水水域，能否使用高潮測量法精確判斷南海各島礁的地位尚存疑問。
3.菲律賓關於中國違反有關保全和保護海洋環境義務的證據不真實
菲律賓主要依據專家證人Kent Carpenter教授提交的兩份報告來支持中國違反有關保全和保護海洋環境義務的主張。然而在對兩份報告進行審查後，“仲裁庭”注意到菲律賓在這一海域並沒有進行事實調查，無法證明中國在這一區域“到底有什麼樣的非法與破壞行為”。
4.菲律賓的學術性書證有局限性
在實體問題仲裁階段，菲律賓向“仲裁庭”提交了大量學術性書證。菲律賓援引了台灣大學植物學家黃增泉教授於1994年發表的學術報告和台灣大學國際法教授薑皇池於2015年11月27日發表在報紙上的短評。單就學術類書證本身而言，其僅僅代表了某些學者在某個特定時期的學術觀點，有很大的局限性，在證據力和證明力方面存在很大的瑕疵。
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