目前，我國智庫績效評價面臨三個突出問題：一是多以領導批示代替政策影響力，以至於出現了大量短平快的政策建議，而這些建議中有一些缺乏基礎研究的支撐，經不起實踐的考驗，長此以往，將影響到我國智庫的整體聲譽；二是個別智庫希望通過社會影響力來提高智庫的整體影響力，因而，過度追求曝光度，急於擴大社會影響力，忙於辦會議、請名家、炒熱點問題，忘卻了智庫的核心使命所在；三是一些智庫希望提高自己的國際影響力，紛紛走出國門，展開與國際高端智庫的交流，而大多數的交流流於形式，走馬觀花、參觀座談，沒有形成固定的、深度的合作，更沒有推出有分量的合作成果。這種做法不僅花錢多、產出少，而且會引起國際上的高端智庫對我國的智庫建設的負面評價。
最後，智庫要強化隊伍建設。智庫，歸根到底是要靠人員的智力出成果，所以，智庫的人員水平直接決定著智庫的參政議政的水平。在我國，智庫的人員隊伍建設面臨著兩個關鍵問題：一是大牌專家供不應求。在智庫建設的熱浪下，智庫人才成為大家關注的焦點。而真正的大牌智庫專家不是一日造成的，這需要長期積累、不斷修煉，因此一些智庫只能通過聯合聘用的方式獲取專家資源。這樣一來，一方面導致一些學者承擔了名不副實的智庫重任；另一方面，一些智庫學者身兼數職，嚴重過載。二是缺乏一套有效的智庫人員培育體系。我們的教育體系以培養基礎研究人才為目標，而這些人員進入智庫體系中，要實現基礎研究向對策研究的轉換，並非易事。對此，建議在我國的教育體系中增加相關的對策研究理論，增設有關智庫的專業，加大對智庫人員的培育。
“八柱”是智庫建設的縱向支撐
架好智庫的“四梁”之後，還要築牢“八柱”：
一是領導重視。要把智庫建設工作作為“一把手”工程建設來抓。
二是加強基礎理論研究。這是智庫的安身立命的基礎，沒有基礎研究，對策研究就成為無源之水。
三是做好基礎理論研究向對策研究的轉化工作。基礎研究是偏向理論化的研究，而對策研究是偏向應用層面的，需要直白明了，要一針見血地指明問題，同時要直截了當地給出“藥方”。
四是要創建與維護好對策報告的上報通道。許多智庫有了對策成果，苦於沒有上報的通道，“貨到地頭死”，這是非常可惜的。
五是加強行政保障能力。行政保障能力涉及財務的保證、科輔人員的配備、財務報銷便利性、數據庫資源等。其中，財務的獨立性與組織的獨立性，是智庫的分析獨立性的前提與保證。智庫應該形成符合自身發展需要的多樣化融資機制，以保持充足的經費。例如，可以形成社會捐贈、政府資助、市場化運作、個人捐贈、委托研究項目經費等多種籌資渠道並存的多樣化融資機制，盡量減少對單一籌資渠道的依賴，減少個別捐贈者對研究進行干預的可能性。
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