其二，兩岸經濟競爭性增加兩岸經濟合作的難度。
隨著兩岸經濟體發展與結構的自然演變，兩岸經濟分工已經從過去垂直型分工為主過渡到混合型分工狀態，且水平型分工在不斷加強，兩岸經濟體產業結構在不斷趨同，互補性（產業間分工、微笑曲線環節間分工）在不斷下降，競爭性（產業內分工、微笑曲線同一環節競合）在不斷增強。目前，兩岸經濟體不僅在兩岸市場上存在競爭性，而且在國際市場中的競爭性也在不斷強化。
在大陸市場上，現階段兩岸經濟體不僅在商品市場競爭日益激烈，在資本、人才與技術等要素市場的競爭也開始顯現。以商品市場為例，隨著大陸產業結構的演進，兩岸在商品生產結構上不斷趨同。兩岸商品市場的競爭，不僅體現在先前的農產品、農工原料上，而且主要體現在部分加工產品上，如電機設備及其零件、機器及機械用具、光學照相儀器及器具等。
兩岸經濟體在國際市場上也存在競爭，而且呈現此消彼長的局面。兩岸經濟體在國際市場上相互競爭與替代的產品，先前主要涉及成衣、鞋類等屬於勞力密集型以及技術層次較低的輕工業消費品，當前主要涉及電子、電器、電機與光學製品等熱門出口產品。兩岸出口商品在美國、日本的市場占有率的變化一定程度上反映了兩岸經濟體在國際市場的競爭態勢。
兩岸經濟體間的上述競爭性態勢，一方面制約著兩岸經濟關係的和諧發展，相應提出了兩岸制度性合作與協調的必要，另一方面無疑也成為兩岸合作與協調的一個制約因素，增加了合作與協調的難度。
其三，利益分配復雜性制約兩岸經濟合作協商進程。
兩岸經濟體的競爭性本身也代表著兩岸之間存在經濟合作的利益分配問題。即便在兩岸各自內部，不同利益群體的利益也會因推行某一合作政策而受到不同的影響。例如，減免關稅進口對內部生產者有競爭性衝擊，但內部消費者會因進口產品價格下降而受益；開放外資進入會有助於增加就業，但對同行的內資可能有競爭性衝擊；開放境外觀光客進入會有利內部的旅遊相關業者，但可能會衝擊到內部觀光客的觀光旅遊品質。顯然，兩岸經濟合作中利益在兩岸之間分配關係的復雜性，以及在兩岸各自內部不同群體之間分配關係的復雜性，也使兩岸經濟合作的難度以及ECFA後續協商的難度相應提高。
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