袁得到被參劾的消息，感到十分懊惱：“兩旬來心神恍惚，志氣昏惰，所有夙志，竟至一冷如冰。軍事實無心詳述。”
不久兵部尚書榮祿邀其幕僚陳夔龍隨行，奉命前往查辦。親歷此事的陳夔龍在《夢蕉亭雜記》稱：
該軍僅七千人，勇丁身量一律四尺以上，整肅精壯，專練德國操。馬隊五營，各按方辨色，較之淮、練各營，壁壘一新。文忠（指榮祿）默識之。謂餘曰：“君觀新軍與舊軍比較何如？”餘謂：“素不知兵，何敢妄參末議，但觀表面，舊軍誠不免暮氣，新軍參用西法，生面獨開。”文忠曰：“君言是也。此人必須保全，以策後效。”榮祿回京後指令陳起草覆奏稿。陳建議擬“請下部議”。榮說：“一經部議，至輕亦應撤差，此軍甫經成立，難易生手，不如乞恩，姑從寬議，仍嚴飭認真操練，以勵將來。”
就這樣，為袁軍軍容所動的榮祿以所參各節“查明均無實據，應請勿庸置議”，將袁世凱的各控罪一筆抹掉，而且吹捧袁說：“查該道員血性耐勞，勇於任事……於將領中間為不可多得之員。”
由於榮祿的庇護，袁不僅沒有被問罪，反而受到清廷的慰勉。這對袁世凱來說是多大的恩情啊！後來譚嗣同要袁世凱殺榮祿，這是他們不了解榮袁之間的這段生死之交。何況，袁一直標榜自己是新派人物中的穩健派，有意和康有為保持一段距離呢！
榮祿沒看錯人，袁的確是練兵的裡手。袁練兵有理論：“治軍之道，首重訓兵，其次練兵，訓以開其智識，固其心性；練以增其技藝，增其材力。”
一次閑談，張之洞問袁世凱練兵的秘訣，袁世凱說：“練兵事看似複雜，其實簡單，主要是練成絕對服從命令。我們一手拿著官和錢，一手拿著刀，服從就有官和錢，不從就吃刀。”
袁世凱說得輕巧，練兵沒這麼容易，君不見蔣百里後來主辦保定軍官學校，要什麼沒什麼，他這個校長在無可奈何之下，竟至在大操場檢閱台上，當眾舉槍自殺。
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