另外，在運用方面，修正案也提出一些改變，要求廢除“自衛隊行動準則”和由文官組成的“運用企劃局”聯合管理的局面，統一交給由武官組成的“綜合幕僚監部”負責。“內部部局”擬定運用計劃並交由防衛相審批的權限也將移交給“綜合幕僚監部”。
共同社報道，自衛隊通過參與2011年“3·11”日本大地震等救災行動獲得一些支持，武官嶄露頭角。隨著自衛隊活動增加，一些政客也在重用作為軍事專家的武官，越來越多不通過文官欲直接接觸政治的武官幹部出現。而且，在自民黨中，自衛隊幹部出身的官員以及看重軍事的國會議員也變得更具影響力。
修正引爭議
《防衛省設置法》修正案一被提出便引起質疑。一些文官認為，文官檢查自衛隊作戰計劃的功能趨弱，提出強烈反對。
共同社報道，依據《防衛省設置法》第12條，文官可參與防衛相向4為幕僚長下達指令。這一規定是文官防止武官獨斷專行，向防衛相建議撤回武官主張的“尚方寶劍”。如果修改這項規定，武官的權力將會加大，無疑會拉近他們與政治之間的距離。
共同社說，首相安倍晉三政府解禁集體自衛權、擬定允許隨時向海外派遣自衛隊的永久性法律等做法，正試圖擴大自衛隊的活動。過去日本軍方在舊憲法下，依仗“天皇統治權”造成了不可挽回的局面。日本政府應重新回顧這段歷史，並進行反省，應制訂避免讓武官密切接觸政治的制度。 |
