而“仲裁庭”則認為，菲律賓並未要求就主權問題作出裁決。即便中菲間或許存在“多層次”的爭端，但本次仲裁只處理其中某些方面的爭端。
“仲裁庭”最終裁決：確認其對菲律賓提出的7項主張有“管轄權”，確認其對另7項涉及實體問題的主張保留“管轄權”，留待案件實體階段進一步審查，並要求菲律賓對1項主張“明確內容、縮小範圍”並保留“管轄權”的審議。
講到這類涉及主權爭議的“混合爭議”，不得不提另外一個同樣按照《公約》附件七提起的查戈斯海洋保護區案（毛裡求斯訴英國）。此案也涉及到在“混合爭議”中仲裁庭的管轄權問題。
毛裡求斯將領土主權爭議包裝成對“沿海國”的解釋問題，被仲裁庭識破，認為此類訴求並非關於《公約》第288條“解釋或適用《公約》的爭端”。最後，仲裁庭認為毛裡求斯所提出的訴求仲裁庭沒有管轄權或不必行使管轄權。
可見，領土主權爭議這一實質問題不能被一方通過訴求包裝而繞開；再者，仲裁庭確有義務，剝開一方的包裝訴求，找出真正的訴因。
本案中，根據1998年西班牙訴加拿大的漁業關係權案，“仲裁庭”自身已經意識到了要以“客觀的標準來判定雙方的爭端”，“仲裁庭”更需要特別注意區分“爭端本身和雙方用來支持自己訴求的論點”。
然而，在實際裁決中，“仲裁庭”似乎並沒有將這一客觀標準完全貫徹徹底，而是象徵性地反覆提及“菲方並未要求仲裁庭裁決領土主權爭端”，從而直接支持了菲方包裝後的訴求，忽略了本案的爭端實際上將潛在地涉及對領土主權的裁定，以及菲方的訴訟目標即是否定中國主權主張、推進菲方在主權爭端中地位的這一爭端實質。
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