三峽工程是一個生態工程
“三峽工程對生態造成了破壞”，三峽工程建成之後，這種反對的聲音一直存在，最直接的體現是長江內魚類種類減少。
陸佑楣對此並不回避：“我們應該用動態的眼光來認識生態。並非一切和最初的環境一樣才叫做保護生態，隨著物種的進步和變化，生態也應該有動態的變化。”
“全球人口在不斷增加，背後其實就是生態在發生變化。”經過多年的實踐和思索，陸佑楣對環境與生態有深刻的理解，“三峽工程說透了，是一個生態工程，目的在於改變不利於人類可持續發展的狀態，改善人類生存環境，減少災害。”
他認為，生態是一個動態的概念，生態平衡也是一個相對的概念，並不是保護好最初的所有物種就叫好的生態。人是大自然中的一分子，儘管有不同意見，但目前國際上公認的生態保護也是以有利於人類的可持續發展為標準。
三峽工程擴大了水域面積，形成了1084平方公里的水面，水庫平均水深70米，最深處比建壩前增加了113米，阻隔了原有河道，改變了流態。這些都改變了魚類和其他水生物原有的環境，使其生存的狀態發生了變化。
對於魚類減少的問題，陸佑楣認同中國科學院水生生物研究所學術委員會主任、研究員、博士生導師曹文宣院士的觀點，“這一問題與人口的增長密切相關。長江人口逐水而居，增加了捕撈量，還有航運的增加等因素共同改變了魚類的生存環境，肯定有的魚類要減少甚至消亡。”
他提到，為了避免某些魚類的減少或消亡，三峽工程所在地宜昌設立了“中華鱘”人工繁殖研究所，經過人工孵化再投放回長江，經過20餘年的研究，成功地孵育成魚苗，已累計投放中華鱘魚苗幾百萬尾，保護或維持了中華鱘的生存。
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