兩岸那時起，成為內戰的對立關係，相互否認對方存在合法正當性，因為60多年分立、分歧，“中華民國是台灣”、或“獨立台灣的在地史觀”，逐漸成為部分台灣人民的想法；而中國大陸似乎仍堅守內戰史觀思維，不面對在台灣的“中華民國”政府存在的事實。
高育仁認為，兩岸關係，要強化“認同互信深化和平發展”，似乎必須以兩岸百年來的歷史事實做基礎，兩岸共同努力建構出對等、包容、雙贏、相互承認的共同史觀。
高育仁說，必須消除兩岸片面的歷史觀和政治立場，滲入兩岸的歷史觀和論述，完全根據歷史事實，放大歷史視野，建立共同的歷史基礎，唯有如此，兩岸才能逐漸、真正的接近，兩岸認同互信，才能更強化穩固，和平發展才會更深化鞏固。
高育仁表示，過去4年，兩岸擱置爭議的九二基礎上開啟交流、務實協商，但一碰到政治領域的問題和歧見，兩岸擱置爭議的“九二共識”不能解決，“互不承認主權、互不否認治權”原則所能處理；
相反的，似乎是不是以共同史觀為主軸，做完整的歷史論述，並以兩岸互相承認重疊的主權，互相尊重分立的治權，來面對爭議處理兩岸問題，如果這樣，深信兩岸終終必能公平合理解決兩岸所有問題。
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