再者，兩岸對於和平發展之各自表述情況，恐怕在短時間難以達成共識。在台灣方面，和平發展與“中華民國”現狀之相互涵括的情況；在大陸方面，和平發展與和平統一間的包容關係，使得兩岸對於和平發展形成下述情況：
對於兩岸和平發展，這其中牽涉到的問題便是兩岸雙方：1.對於和平發展的詮釋與認知是有不同的；2.對於台灣方面現狀維持的指涉內容是什麼？3.對於大陸方面統一的安排、步驟及條件是什麼？4.對於台灣與“中華民國”間的辯證關係是什麼？5.對於中華人民共和國與“中華民國”間的關係是什麼？諸多問題皆有待於兩岸未來協商談判而定。
另外，對於和平協議，無論是在2005年4月連胡會中所首次提到、或是胡錦濤在十七大中再次揭櫫、或是馬英九2008年勝選後的就職演說，或是日後兩岸領導者在重要場合的談話以及兩岸學者專家對於兩岸和平協議都共同有所期待，這些都是對於和平協議中較為樂觀的部分。
不過，兩岸同樣對於和平協議亦有不同的看法及底限，在台灣方面，馬英九提出簽訂和平協議的十項保證、三項前提，至於是否公投則未定調；而大陸方面對於和平協議的看法，則延續一貫對台政策，並且提出和平協議絕非和平獨立而是和平統一，和平協議的內容勢必會加入和平統一的元素在內，雙方對於和平協議內容看法的歧異，亦增加和協議洽簽的難度。
對於和平協議本身來看，馬英九已經多次充分發表對其的看法，更提出三個條件及附加未定調的公投；但大陸對此則持不同看法，大陸對於和平協議的洽簽，雖是樂觀其成，但其主張的內涵顯然與台灣方面的相法有所不同。
因此對於兩岸政治爭議，馬英九兩 岸政策，基本上是立基於“中華民國憲法”之上，秉持過去國民黨政府執政時期種種政治主張，輔以中國國民黨的黨綱與政策主張及與時俱進的政策所形成的；他的第一任與第二任，兩岸政策勢必將具有相當的延續性，在第一任時期開創出不少過去陳水扁執政時期沒有的政策，既要破又要立；第二任期能夠在第一任期的政策上繼續延續開展，至於真正能夠突破者恐怕並不十分樂觀。
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