總之，兩岸關係就在對於和平發展的認知差異及對於和平協議的看法不同的氛圍下，若要再進一步深化發展，除了必須加深政治互信、擴大交流層面，美國等外部因素恐怕亦是無法忽視的重要關鍵。兩岸之所以無法突破，關鍵點在於雙方核心利益的不同。對於 兩岸雙方的核心利益的探討，便是非常重要的議題。
對於馬政府的核心利益，當然是堅持九二共識，一個中國就是“中華民國”，兩岸對此看法及史觀有很大的差異，並且“中華民國憲法”框架仍是有效規範著現行的台灣、澎湖、金門與馬祖，三民主義和資本主義混同在台灣實施，在此基礎上，馬政府自當責無旁貸替在台灣的“中華民國”創造最大的利益，替民眾帶來更好的生活，並恢弘中華文化，保存中華精髓；對於與大陸難解的政治難題，也只能求同存異、以三不政策、擱置爭議和外交休兵作為目前階段性之應對之道。而民進黨核心利益，當然是堅持台灣的主體性與尊嚴，尋求台灣在國際活動的空間，企圖達成一中一台的目標與正名新憲的目的。
對於大陸當局的核心利益，當然是一個中國原則，並且按照國際現實及美國一個中國原則及三公報，中國是由中華人民共和國所代表，大陸和台灣同屬一個中國，任何改變及存有分裂意圖的勢力都是不被允許的，任何透過改變的方式也都是禁止的，在主權上絕無退讓的空間，在外交上絕無軟化的跡象，在防獨的動作上絕無任何的停歇，大陸當局的核心利益，主要都是局限在政治主權與維護國家的完整性上。
對於兩岸核心利益的衝突與差異，馬政府接下來應該從兩岸共同核心利益出發，包括和平觀、中華民族觀、以民為本、以各自認為之民主方式來善治人民、中華文化普世價值的實踐、以及求繁榮發展與進步。至於不同核心利益部分應擱置爭議，求同存異，相互學習吸收、包容，時時刻刻地易地而處、換位思考，以創造更好的環境及對話空間。
職是之故，雖然兩岸諸多政治爭議看似無解，和平協議簽訂難度頗大，對於馬政府來說，挑戰更大是必然的，受到期許更高是自然的，但馬政府只要秉持循序漸進，相信歷史對此會有深刻的記載。其中最重要的就是該做的一定要做，而且要做的快、做的好；對於爭議性較大者則要求同存異，暫先擱置，從強化彼此政治互信開始做起，加強兩岸共同核心利益共識，來自各方的期許及壓力，馬政府需轉化為進步的動力與契機，循序漸進，穩健而行，相信歷史自有公斷。 |
