於是，堅決執行海禁政策的朱紈與主張通海的林希元及閩浙百姓形成了尖銳的矛盾。朱紈很清楚，如果沒有嘉靖皇帝的鼎力支持，自己的任何行動都不免於失敗。於是，他特地向朝廷申請，賦予他“從宜處之”的特權。得到了嘉靖皇帝的有力支持，朱紈開始了雷厲風行的治倭行動。
整頓海防
朱紈到任後，仔細走訪沿海各地，針對嚴重的“倭患”，採取了釜底抽薪的策略：
他首先從海上貿易的交通工具入手。下令各寨、澳、巡司，民船以載重量三百石、長四丈、寬一丈二尺、吃水深度六尺為限，過限民船必須在半個月之內到官府注册。對違式大船(包括所有民間雙桅以上大船)，下令酌情付給官銀，全部“承買編號在官”，且所編字號要大書，深刻桅下橫木，以防調換，以備點檢。已在官府注册的民船，仍令原主駕駛看守，但由官府統一管制調用。在此限以內的民船，則仍令其在海上往來謀生，但不許其假借鄉官旗號出人，官府亦不予編號。
其次，朱紈又從人員的管理入手，強化了保甲制度。他認為：“惟沿海官兵保甲，嚴加防範，使賊船不得近港灣泊，小船不得出港接濟。賊船在海久，當自困，相機追擊，乃勝算耳。”保甲制度推行不久就收到了顯著的成效，“旬月之間，雖月港、雲霄、詔安、梅嶺等處，素稱難制，俱就約束”。
為了加強對走私行為的打擊力度，朱紈還利用嘉靖皇帝特批的“便宜行事”之權，對走私行為施以重典。他要求屬下對佛郎機(葡萄牙)、倭寇、中國海盜，以剿滅斬殺為主，以安撫為輔。
除此之外，朱紈還集中力量整頓軍隊，加強海防。他設置了一些軍事防禦設施，添置了戰船，並培養了一支訓練有素的部隊。
經過一番整頓，閩浙沿海氣象一新，沿海居民私自下海的情況大為減少。但朱紈心裡很清楚，就在距寧波不遠的雙嶼，以及福建漳州附近的浯嶼、月港等地仍然盤踞著大量的海上勢力，他們隨時都有可能掛帆登岸，使朱紈的努力功虧一簣。經過近一年的籌備，朱紈決定進攻海盜的大本營雙嶼。
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