主動出擊
1547年，朱紈派遣副使柯喬、都指揮黎秀等分駐漳、泉、福寧諸地，阻遏雙嶼港灣的私商船只。次年四月，奉命進剿雙嶼的福建都司都指揮盧鏜率福清兵追擊一艘倭寇大船，殺死2人，生擒日本倭夷稽天、新四郎，以及中國走私販林爛四等53人。
初戰告捷，朱紈又命盧鏜統各路兵直搗雙嶼，葡萄牙人和中日私商則堅壁不出，形成圍困局面。1548年4月，雙嶼商船乘著風雨昏黑突圍出港。明軍一面占領雙嶼，一面分兵追擊。此役共“俘斬溺死者數百人，賊酋許六、姚大總與大窩主顧良玉、祝良貴、劉奇十四等皆就擒。鏜入港，毀賊所建天妃宮及營房、戰艦，賊巢自此蕩平”(《籌海重編》卷五《浙江倭變紀》)。鑒於雙嶼孤懸於大洋之中，難以戍守，而明軍主力“福兵俱不願留”，朱紈便下令以木石築塞通往雙嶼港的南北各水口，使所有船只無法進入內港，從此葡萄牙人和中外私商苦心經營多年的國際貿易大港遂成廢墟。
明軍攻占雙嶼，葡萄牙人和中外私商失去巢穴，餘黨部分逃往福建之浯嶼。而大部分仍留滯浙江沿海，“分泊南麂、礁門、青山、下八諸島”，或出沒於福建北部海域，繼續與明軍周旋。朱紈指揮明軍繼續掃蕩殘敵，經過大小數十戰，到同年12月，才將葡萄牙人和中私商海盜船趕出浙江海域。朱紈上奏朝廷：“台溫海島巢穴俱已蕩平，凡可栖隱去處遍哨，無警收兵。”他也因此受到了嘉靖皇帝的贊許。
雙嶼戰後，葡萄牙人移師福建沿海，與當地的葡萄牙人和中外私商匯合，占據廈門附近的浯嶼築成新巢。而明軍在朱紈指揮下乘勝追擊，包圍了浯嶼。
1549年初，恃險困守了3個月的葡萄牙人及其同夥不得不放棄浯嶼，於正月二十五日“陸續開洋”。部分葡萄牙商人為討回商欠重返福建沿海，結果在走馬溪附近的靈宮澳下灣中了明軍的埋伏。此役明軍共殲敵239人，生擒葡萄牙人16名，中國海盜首領李光頭及屬下120人，朱紈在報捷奏折中寫下了“全閩海防，千里肅清”八字，宣告福建抗倭鬥爭已經取得勝利。
在嘉靖倭患中，王直集團曾一度協助明朝政府剿滅四處劫掠的海盜，希望以此換取明朝准許自由貿易的要求。結果，海禁未開，自己卻身陷囹圄，最終身首異處。與此相反，失去雙嶼、浯嶼之後的葡萄牙人得到的是本國政府始終如一的支持。1553年，他們通過欺騙手段取得在澳門的居住權，重新建立起新的貿易網絡，並一度壟斷整個亞洲地區的海洋貿易。
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