第三，對國際政治與經濟互動中的“南海問題”，需要細化。至少需要從以下議題分而論之，以免在國際討論場合被混淆視聽。
1.民用船舶、民用航空器的商業航行自由問題。在中國領海的外國商船的航行自由，早在1958年9月4日中國政府發布的關於領海的聲明中得到明確的保障。新中國成立以來數十年的實踐表明，南海的商業航行自由，沒有受到過限制。更何況，中國自己的對外經濟交往需要這個自由得到維護。南海的商業和民用航行自由有國際規則和慣例可循。
2.軍用航空器的空中通行以及軍用船只的海上、水下航行“自由”問題。“無害通過”是國際慣例。操作過程中，空域或海域使用方有向沿海國通報並獲准的義務。以搜集情報為目的的軍事航行，不論有還是沒有通報，沿海國有沒有管轄權，是中美兩國在海洋利用上的爭端之所在。美方堅稱的國際水域範圍與中方所接受的、國際海洋法條款中認可的專屬經濟區水域重叠，中美外交中因此而出現了多次嚴重對立。南海的軍事使用缺乏各方認可的規則，既是中美之間爭議的根本之所在，也是所有沿海國（不論是不是聲索國）與使用國之間的原則性課題。
3.海洋漁業資源、海底油氣資源、礦產資源的開發利用問題。中國所主張的“擱置爭議、共同開發”，至少從2005年的中菲越三國國家石油公司聯合勘探南海石油的項目到2007年合同期滿無果而終來看，實施起來的政治阻力依然很大。作為國際間領土、領海爭議過程的一部分，聲索國中一方對另一方在有爭議海域和海底所從事的勘探、開採行為提出抗議，屬正常行為。問題不是提出抗議的一方有沒有遇到反抗議，而是抗議行為歷史沿革的一致程度。
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