《環球時報》迅速在其官方微博上以《朝日新聞誤報？香港記者稱日本防相沒說要對中國飛機“警告射擊”》為題反擊，稱其說法來自《朝日新聞》。這條辯駁讓《環球時報》的大批支持者振作起來，稱李淼“幼稚”未解讀出日本人的真實意思，而反感它的人則更加憤怒，認為它把誤報責任莫名其妙推給了《朝日新聞》——而在《朝日新聞》的原文中並未出現《環球時報》提到的內容。
儘管爭議巨大，次日出版的《環球時報》仍然發表了題為《發曳光彈將把中日推向戰爭邊緣》的社評。但在17日的評論版上，又用《日本，請別用謠言來壯膽》為題，委婉地糾正了此前的“發射曳光彈警告射擊”說。
為什麼要編造日本防衛大臣刺激中方民族情緒的表態？這種對其新聞準確性和專業性的質疑，多年來始終伴隨著《環球時報》。曾有媒體從業者稱，根據其對新聞源頭的追蹤檢索，同樣是摘錄國外報紙，文摘型的《參考消息》至多只摘錄或節選國外同行的報道，而《環球時報》則有可能將自己的文字嫁接在國外同行的報道上，完全改變其原意。
但質疑其專業性的新聞同行們不得不承認，《環球時報》國際新聞搜集和整理能力越來越強大，《環球時報》已真正做到了每日重要國際新聞無遺漏，無論是哪裡發生的國際新聞，《環球時報》幾乎總能讓駐當地的記者或特約記者在第一時間發回自己的報道，除《環球時報》外，沒有第二家報紙能做到這一點。今天，從事國際新聞報道的新聞人，很難做到不在乎《環球時報》每天的報道。
在《環球時報》的反對者看來，它並非一家真正的媒體，只是官方的“傳聲筒”。在官方，也有人撰文稱讚《環球時報》在“堅持正確輿論導向，爭取最佳宣傳效果”上有諸多經驗值得肯定。但這類表揚，《環球時報》的編輯記者很難認同，他們的職業驕傲，顯然不認為自己是宣傳機器的一部分，尤其是，他們認為自己代表了中國民間真正的聲音，質疑者只是觀點與他們正好相反、被西方反華宣傳洗腦的“精英”而已。
《環球時報》的爭議性，令其采編人員易被同行孤立，在2010年《環球時報》越來越多參與國內報道後體現得尤為明顯，碰到熱點話題，《環球時報》員工——最著名的是其總編胡錫進和前編輯王文——在發出與眾不同的聲音時，往往會遭遇集中攻擊。甚至胡錫進在從腐敗問題到北京空氣污染等熱點話題上以批評者出現時，依然難獲認同。
《環球時報》以評論方式介入國內話題，他們特有的敘事語言和邏輯往往能巧妙突破各種禁區，成為某些新聞事件的唯一報道記錄者。《環球時報》前編輯王文曾驕傲地說：“我理直氣壯地回覆你們：你們在微博上的文字肯定會消失，未來的人們再來查詢歷史的時候，會忽然發覺，全中國的媒體中，只有《環球時報》用紙質記載了每段重大真實歷史。在《環球時報》裡，發現了每一個21世紀初的敏感詞！這就是我們對歷史的最好交待！”
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