“美國智庫一個最大的優勢，就在於他們獨立於政府、政黨派別。美國智庫似乎也強調透明公開他們的工作、項目的各方面以及和其他國家相關的研究。”美國賓夕法尼亞大學教授詹姆斯·麥根在接受新華社採訪時說，美國的智庫可以自由地挑選課題，而不為政府所管制。
傳統上，儒家文化處於主導地位的亞洲國家，“服從型政治文化”占主流，公眾對政治決策存在著盲從傾向，政治參與的意願較低，不願公開、主動地表達不同意見。同時，政府對獨立政策分析的需求也不強，通常很少重視和支持智庫的發展。
當前，中國的多數智庫直接或間接地隸屬於政府機構，甚至還有較為明確的行政編制。正是這種權力圖譜，使得這些智庫出現兩種行為偏好：在研究方向的選取上，有意或無意地迎合上級的喜好和意圖。研究內容上，並不是在決策之前的有效建議，而是在決策後進行解讀和注釋。
“一些學者現在為利益集團服務、為政治服務，也就是解釋政治，解釋政策，從來不敢提出反對的意見。有很多觀點是發表不出來的，很多學者只是解釋政府的意見，沒有一點前瞻性的東西。”中國社科院工業經濟研究所投資與市場研究室主任曹建海在接受媒體採訪時批評說。
“智庫，不是倉庫，要有用，智庫要源源不斷地為國家安全防禦決策提供參考。”在2013年12月5日的首屆南方防務論壇上，國防大學喬鬆樓教授指出，仍有智庫在提供諸如“1+1=2、巴黎在法國”之類的報告，那是在迎合決策者的偏好。
這種“事後諸葛亮”的情形正逐步改變。近年來，政府越來越“有容”，容得下批評意見的存在，即便如國務院發展研究中心這樣官方背景濃厚的智庫，也會對現行政策提出不同意見和獨特觀點。
官方智庫一家獨大的壟斷格局也在打破。近年來，民間智庫蓬勃發展，它們通常註冊為民辦非企業單位和企業，也有不少分布在高校。
“我對建設高校智庫還是挺有信心的，從普通決策咨詢到頂層設計，有專門資金扶助，比如第一年就給了高校幾十萬啟動經費，發展前景越來越看好。”中山大學亞太研究院副教授喻常森說，僅廣州的高校，就有三家智庫——中山大學港澳台研究中心、大洋洲研究中心，以及廣東外語外貿大學的加拿大研究中心。
“十八屆三中全會提出設立‘國家安全委員會’，各類智庫應與之相契合。”金燦榮教授認為，國內千餘家智庫應被納入決策軌道，進而解決智庫之間的重復工作與無序競爭，“中國的外部挑戰越來越多，公眾壓力上來了。”
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