張明泉告訴記者，如今江河斷流、污染嚴重，黃河入海水量銳減，都與眾多調水工程有關係。他舉例稱，在甘肅黨河、疏勒河部分流域，由於私自建設小水電站調水，已經導致河流斷流、幹涸，出現生態危機。
有資料顯示，黃河流域的眾多灌溉調水及飲用水調水，讓黃河水在近十年平均年入海量不足200億立方米。以總水量計，黃河水被沿岸居民用去70%以上。由於黃河入海水量持續減少，從上世紀50年代的500多億立方米減至如今不足200億立方米，渤海海水的氮磷比嚴重失調。2008年，渤海海水的氮磷比為67，而渤海灣底部、萊州灣底部、遼寧近岸的氮磷比甚至高達200以上。一般認為，氮磷比超過50，會造成生態惡化。昔日渤海為海上漁場，今日已基本沒什麼漁獲量了，大批海洋生物滅絕。
目前，國內最大的調水工程南水北調工程中線、東線均未正式通水，相關影響暫時尚無法估計。但有學者表示，中線調水後，漢江襄樊段水位下降嚴重，水污染將加重，水生魚類可能大幅減少。此外，南水北調或將使得長江入海口遭受更大程度的鹹潮倒灌，從而影響上海的飲用水質，造成水源危機。
被指“拆東墻補西墻”
馬軍坦言，從某種程度上說，跨流域以及長距離的調水工程作為應急項目可以緩解一些地區面臨的水危機。但從長遠來看，調水工程實質上存在著“拆東墻補西墻”的弊端。它只能作為解決方案的一個組成部分，不能作為主要的解決辦法。他認為，節水應該是重中之重。但長期以來，這方面的投入要遠遠小於水庫、調水工程等方面的投入。解決城市水安全，應從水生態修復入手，全面地提高水的使用效率。
以色列和新加坡的高效用水案例，或許可為我國提供借鑒。
據資料顯示，以色列人均水資源占有量只有每年320立方米，僅為我國人均水平的1/6，世界平均水平的1/33，並且國內缺少過境水源；同時以色列的水資源分布又嚴重不均，50%的農田都需要灌溉。
以色列提高污水再生利用率，加強微鹹水和雨水利用，實施海水淡化，節約農業用水等手段，用水效率成倍提高，輔以完善的水價體系，發揮行政手段、技術手段和市場手段，成功地解決了水資源短缺問題。
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