然而，在劇變中，仍然有一項行動是沒有改變的，就是抗日運動。無論是閩南人、客家人及原住民都長時期進行抗日運動，包括早期的武裝抗日行動；中期的非武裝文化思潮抗爭；更包括七七事變之後，許多台灣同胞赴大陸參加抗日戰爭。省視馬關條約簽訂120週年，持平的說，抗日戰爭或始於盧溝橋，但抗日運動則始自台灣。台灣抗日運動的目標是把日本侵略者趕出台灣，終結日本人在台灣的侵據統治，這也正是中國人民抗日戰爭的使命之一，也是世界反法西斯戰爭組成的一部份。
日本覬覦台灣，為時甚早。1874年5月，藉口因躲颱風登陸台灣南端恆春的琉球漁民遭襲殺54人，乃組成“征台軍”進攻南台灣，當地原住民起而抗爭，此即“牡丹亭事件”。其後，日軍雖退去，但牛刀小試之後，已興起吞噬之野心。甲午戰爭打敗清政府之後，台灣淪於殖民的命運，已在日本軍國主義者的計算及控制之中。台灣人民聞訊悲憤填膺，哭聲遍野，卻也不甘臣服做順民。除在北京的台籍舉人及官員汪春源上書強烈反對之外，台灣居民更紛紛組成義軍，不畏犧牲、強烈抵抗。
繼“牡丹社事件”台灣原住民初試啼聲的抗日行動之後，史無前例的巨大型台灣武裝抗日行動，就從1895年5月29日日本“近衛師團”在基隆東北角澳底登陸之後，轟轟烈烈掀開乙未戰爭的序幕。戰爭從基隆、台北、桃竹苗北部地區，往南推向台中、彰化、雲林、嘉義、台南。日軍挾其精良武器裝備，處處營建其高壓優勢，到1895年10月23日日軍大致控制了全台，戰事持續約5個月。乙未戰爭抗日義軍正規軍約33，000名，民兵十餘萬，孤軍奮戰的結果，陣亡的兵士至少有14，000人，一直到1965年都還在彰化等地陸續發現數以百計的乙未烈士遺骸，如今雖已過了120年，但烈士英靈長存，台灣志節不朽。
乙未抗日戰爭是全台民眾全民參與
在當時，雖然有一些仕紳選擇與日軍“合作”，但乙未抗日基本上是全民參與。根據日本隨軍記者記載，抗日義軍不乏女性及青少年，死傷不少；客家族群作戰尤其英勇，傷亡亦最重。因日軍在全台採取焦土政策，即所謂的“無差別殲滅”（不分軍民、男女、老幼）與所謂的“三光掃蕩”（殺光、搶光、燒光），所到之處，燒殺擄掠，軍民死傷估計在十萬人以上。台灣人沒有辜負黃遵憲的期許“人人效死誓死拒，萬眾一心誰敢侮”。
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