日軍因作戰傷亡者當然遠低於台灣抗日義軍,卻有4,600人感染霍亂等疾病而死。死亡中包括領軍的“近衛師團”統帥陸軍中將北白川宮能久親王(日皇明治之叔叔,死時才48歲)及團長山根信成少將。低階的軍夫死亡7,000人。日方損兵折將,代價也不輕。雖然日本據台總督樺山資紀於1895年11月8日向東京大本營信誓旦旦報告“全島悉予平定”,隨即在台灣展開高壓統治。但一個多月後,台灣北部抗日義軍舊部在主帥李秉瑞的領導下,又於1895年底,在現今的桃園、大溪、台北郊區的景美、士林及三峽等地進行武裝抗日行動;隨後南部台南、高屏六堆地區亦紛紛舉兵抗日;原住民的抗爭亦未停止,台灣抗日志士武裝抗日承先啟後進入第二階段,以深山幽穀作基地進行游擊戰,前後歷時七年,直至1902年間主帥李惟義殉職、林少貓被捕成仁,武裝抗日行動稍歇,進入“觀察期”。但台灣人民抗日的決心和持續行動力,已讓日人疲於奔命。
抗日運動沒有沈寂太久。1907年11月的新竹北埔事件,將武裝抗日運動帶進第三階段。居民多數為客家族裔的北埔,從乙未年開始就是抗日策劃地之一,年輕的領導人姜紹祖激烈抗日,因不敵日軍圍殺而壯烈成仁,十二年後其戰友蔡清琳為渠復仇,因誤殺五名日學童而引發爭議,但無損北埔的抗日義行,而日人嚴苛的制裁,殊連百餘人,也引發多次武裝抗日。1915年7月16日由餘清芳在今台南玉裡(當時叫噍吧哖)西來庵策劃領導的“西來庵抗日事件”是規模最大的一次,且是首度以民間信仰力量起事。參加者遍及全台,近2,000人被捕,866人被判死刑,包括餘清芳在內。2014年3月14日台南新化發現三千多具遺骸,地方人士認為是噍吧哖抗日義士,歷史學家考證當年被日本警察屠殺的抗日人士可能超過萬人,只是不知青山何處埋忠骸。
噍吧哖抗日事件開啟文化抗日運動
噍吧哖事件悲壯的結束了第三階段的武裝抗日行動,也開啟了第四階段的非武裝的文化抗日運動。因為西來庵武裝抗日,犧牲太過慘重,二十年間(1895~1915)累計遭殺害的台灣人,已達總人口十分之一以上,抗日運動的領導群認識到軍事力量的懸殊及統治高壓的迫害,武裝抗日應該轉型為用政治訴求與社會運動來推動的文化抗日運動。西來庵事件遂成為台灣漢人紀錄上最後一次武裝抗日行動。台灣抗日運動演進到此時,距1911年辛亥革命已有一段時日,台灣志士應有感受:抗日已不全然是ㄔ亍獨行的事,孫中山先生從1900年到1924年就曾四度秘密訪問台灣。1914年苗栗抗日事件領導人,原籍廣東省嘉應州(現廣東梅州市)的羅福星,就是中山先生忠實信徒,曾參加辛亥革命,其後來台發展抗日組織,因事蹟不密,於1914年3月遭日本人拘捕殺害,成為不少研究台灣抗日運動史的專家所形容的“台灣史上最值得尊敬的抗日英雄”。
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