第一，下調公投三大門檻。
這裡的門檻包括三個方面：一是提案門檻，由原來“總統”“副總統”選舉人總數千分之五（9．4萬多人）降到萬分之一（1800多人）以上，等於降低五十多倍。二是連署門檻，從原本百分之五（94萬多人）降為百分之一點五（28萬多人）；三是通過門檻，由原先的“雙二一門檻”改為“有效同意票多於不同意票，且有效同意票達投票權人總額的四分之一（約465萬人）以上，即為通過”。
按照原來“公投法”第10條、第12條、第14條、第15條的規定，從提案門檻、連署門檻以及由此進入“公投”程序的一系列複雜規定看，經由公民連署發動“公投”的難度非常大。自“公投法”2003年12月31日頒布以來，迄今還沒有一個全台性“公投”案例沿循法定程序完成公投。但是，剛剛通過的“公投法”修正案將門檻大幅下調後，通過公民提案途徑發動公投的可能性大大增加。對兩岸關系來說，這次“公投法修正”雖沒有明顯的“台獨”內容，但門檻下調無疑為“台獨”勢力推動“法理台獨”埋下了隱患，這將使未來兩岸關系面臨著很大的考驗。
第二，廢除“公投審議委員會”。
通過這次“公投法”修正，長期以來備受民進黨詬病的公投審議委員會正式被廢除。有關公投事項是否符合公投法的認定，在中央則歸由“中央選舉委員會”為主管機關，在地方則由“直轄市”和縣市政府為主管機關。
“公民投票審議委員會”在立法之初就是政黨鬥爭的產物。2003年立法時，民進黨掌握行政權，但是他們在“立法院”中是少數政黨。在野黨對於處在執政權下的“中央選舉委員會”不信任，因而才有了“公民投票審議委員會”。國、親兩黨當時主張設立“公民投票審議委員會”的目的就是為了牽制在台執政的民進黨。當然，目前的情況與當時有所不同了，當下民進黨既是執政黨，又是“立法院”多數黨，在這種情勢格局下，國民黨用該機構牽制民進黨的意義已經不再那麼大。
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