從香港回歸後的“一國兩制”實踐來看，有許多問題值得我們今後解決台灣問題時加以慎重，譬如司法終審權問題、衝突協調機制問題、獨立稅收體系問題等等。就稅收來說，當時中央政府不讓香港向中央交稅，完全是好意，而事實表明，香港民眾不僅沒有意識到中央的善意，反而還淡化了他們的公民意識。納稅是任何一個國家的公民和地方政府的義務，不交稅不利於培養民眾的公民意識。在香港出現的這些問題，今後如何在解決台灣問題時加以避免，需要好好研究。
還有一個宏觀層面上的問題。香港回歸後，實行“一國兩制、高度自治”政策。所謂“一國兩制、高度自治”，就是內地與香港“分治”，分治其實就是實行“井水不犯河水”的隔離政策。隔離固然可以防止內地分享香港的既有資源和利益，免除了香港民眾的顧慮和擔心，有助於更好地保障香港民眾相關權益。但是，長期的隔離會固化香港與內地之間的差異，容易強化香港居民的自我意識和主體意識，認為香港就是香港人的香港。這種意識一旦遇到對中央的不滿情緒時，就很容易轉化為分離主義意識。這就是近些年香港出現“港獨”的重要原因之一。
“存異”是必要的，但不能永久性地停留在“存異”的層面上。應該在“存異”的基礎上去積極的“求同”，然後積極培育、慢慢擴大“共同”，以最終消除“差異”，這才是正確的抉擇。香港在回歸後的一段時間內，中央政府應該在香港與內地實行“分治”的同時，適時推動兩地向“共治”方向轉化；具體來說，就是中央在保持“一國兩制”“港人治港”的同時，應通過一些制度設計和法律框架積極推動香港與內地的融合發展，但我們長期以來卻忽視了這一過程。
香港“一國兩制”實踐告訴我們，今後處理兩岸關係時應積極地推動大陸與台灣的融合發展。從這個角度說，未來如何在“一國兩制”框架下進行區域整合與融合發展，應是今後大陸學界需要認真研究的新課題。從國家治理的角度說，特區治理是未來中國國家治理的一個特色，是西方國家所沒有的治理模式。
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