其實，上述兩個“意料之外”，從中日關係根本屬性和長遠趨勢來看，實在無可厚非；但如此錯愕，均源於對中日關係的深層複雜性估計不足，從而對中日關係發展過程過於樂觀所致。中日從此前百餘年甚至近千年的錯位發展，到上世紀90年代以來進入同步崛起（中國是政治大國走向經濟崛起，日本則是經濟大國走向政治崛起），資源要素和區域主導權之爭空前凸顯，形成了以歷史問題、領土問題和台灣問題等為載體，以地緣競逐、競合博弈為形式，以意識形態、民族心理為實質的所謂“結構性矛盾”。
這種結構性矛盾從日本明治維新和清末中日甲午戰爭時期就開始凸顯，歷經百餘年發展演變，儘管國際形勢和地區格局不斷變化，但這一矛盾主線及其實質內涵並無重大變化，迄今依然。
2001年到2006年小泉純一郎執政日本五年間，中日結構性矛盾被空前激發，引發了中日兩國間戰後第一波直接對抗。這一時期的兩國關係冰凍期，人們常常以“政冷經熱”來形容，即民間敵對情緒儘管愈演愈烈，兩國高層互動也受到嚴重影響，但兩國經貿合作和交流並未受到重大衝擊，相反，依然保持快速發展勢頭。兩國貿易額穩步上升，特別是日本對華經貿依存度顯著上升的事實充分證實了這一時期中日博弈的特點。
這一時期中日關係陷入冰凍期的深層原因是兩國開始經歷同步崛起時期的首個回合磨合過程，彼此對對方的戰略定位尚停留在過去；表現形式則是雙方在歷史教科書問題、東海油氣田問題、日本爭取聯合國安理會常任理事國問題、釣魚島問題、台灣問題等；導火索無疑是小泉大搞表演政治，借靖國神社問題博取自民黨保守派和國內右傾及部分中間民意支持；博弈形式是官方高層互動斷斷續續甚至冷冷清清，民間敵對性行動層出不窮甚至風起雲湧，中方最終放棄對小泉的希望；導致結果則是中日關係陷入長達五年的下行周期。
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