然而，我們必須注意的是，兩岸事務的特色，有些並非框架性、方向性及由上而下談妥就完全沒有問題；反而有許多是實踐中才會出現的狀況，是發自由下而上所產生的問題。因此，格外需要互信與智慧，一項一項排除任何困難，方能行遠致穩，完成先易後難的步驟。當然也必須留意到黨政分際，中國國民黨雖然代表台灣地區的執政黨，但仍舊不能悖離“立院”的監督與法制的相關規範。
此外，在大陸與美國建立“新型大國關係”下，台灣方面更應該善用此關係，使對兩岸關係和平發展產生正面的助益，台灣、美國與中國大陸三邊關係，既可以保持民間、經濟、文化層面的交流交往，亦可產生相互的競合，台灣方面深知大陸當局對美軍售及對兩岸關係產生負面的影響。但台灣亦必須考量現實情況，在手段與目的間求取平衡，既發展兩岸關係又能鞏固台美關係，在中國夢下台灣夢能夠找出適當的位置。
總之，習吳會顯示出兩岸積極務實的一面， 兩岸關係目前已具體實踐“互不承認主權、互不否認治權”的務實精神，並做到 實事求是、循序漸進，創造各種良好條件，以耐心和智慧解決問題，藉以發展新形勢下的兩岸關係，替兩岸和平發展添動力上保險，可謂大勢所趨。在馬英九的全面掌握情況下，民眾充分瞭解各項情況與進展，相信未來的兩岸關係仍是可以值得期待的，未來馬政府只要執政一天，習吳會各項共識應可作為兩岸和平發展之方向上的依據，至於具體的做法，就必須與時俱進。
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