從劇變以來埃及形勢發展、穆斯林兄弟會群眾基礎等因素分析，伊斯蘭政黨候選人贏得總統大選的可能性相對較大。然而，埃及總統地位重要，掌握黨政軍等實際權力，不論誰當，新政府馬上將面臨諸多內外難題，政治改革、重振經濟、減少失業和貧困、維護社會秩序都是嚴峻挑戰。
內政方面，新總統和新政府必須平衡宗教力量與世俗力量的關係，儘快恢復社會秩序、維護社會治安。穆兄會在總統大選中以“復興”為競選口號，誓言懲治腐敗，取得較好業績。儘管短期內埃及的世俗化基礎難以撼動，但難保穆兄會未來不會以漸變方式推動宗教治理模式。
從這一點看，儘管穆巴拉克晚年成就不多，而且試圖子承父業，搞世襲統治。但是，穆巴拉克的治理成績不能一概抹殺。他早年對奠定埃及的重要地區地位和國際影響，對推動埃及經濟與社會也是有功勞和貢獻的，尤其是他堅定維護世俗化政體的戰略方向，贏得了國內政治主流、軍方以及國際社會的肯定。
在經濟與社會方面，新總統需要儘快恢復經濟發展，提高發展速度和效益，通過吸引外資等方式解決失業率居高不下問題，向民眾提供基本的生活物資保障和福利支援。尤其是要有力推進社會公平公正，依法治國，推進政治透明，著力打擊腐敗。
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