在“促進”功能上，協議著重強調了雙向性，條款體現了相互促進投資的原則，這對扭轉兩岸經濟往來單向、失衡的現狀有重要意義。因此，兩岸投保協議正是考慮到兩岸雙方投資者的切身權益，從促進兩岸雙向投資的角度，逐步減少兩岸投資限制，有利於兩岸雙方為對方投資者創造公平的投資環境，從而促進兩岸經濟合作互利共贏。
《海峽兩岸海關合作協議》具體處理兩岸經濟往來中貨物通關、海關檢驗檢疫、兩岸聯手緝私等事項。協議提出要促進雙方海關程序的簡化及協調，提高通關效率，便利ＥＣＦＡ的執行，並便利兩岸人員及貨物的往來，促進兩岸貿易便利與安全。依據協議，雙方應確保海關程序及其執行具有可確定性、一致性及透明性，其海關估價、商品歸類等規定應與世界貿易組織或世界海關組織有關規定相一致。雙方應採取適當措施，以便利貨物、物品及運輸工具的通關，並逐步應用信息技術，促進無紙化通關的發展。協議還規定，雙方海關應注重識別高風險企業及貨物，實施經認證的經營者認證制度，便利貨物通關。協議還提出雙方海關應提高行政透明度，如設置必要的咨詢點，受理相關業務咨詢；再如，一方海關規定有重大修正，且可能對協議實施產生實質影響時，應及時通知另一方海關。此外，在兩岸查處走私合作方面，兩岸海關將主動或應請求提供查處走私及其他違反海關規定行為的情報資料與協助。協議還提出，對通關過程中產生的問題，兩岸海關應及時進行溝通協調，採取必要措施予以解決。以上這些內容為兩岸海關攜手合作，共同保障和促進兩岸經貿往來以及共同維護兩岸經濟安全，並在打擊走私犯罪等方面做出明確而具體的規定，確保了兩岸最大程度實現經濟合作互利雙贏。
而8月31日兩岸簽署《海峽兩岸貨幣清算合作備忘錄》，雙方認可《備忘錄》生效之日即表明兩岸貨幣清算機制正式建立，並將在後續合作中不斷完善該機制。這意味著兩岸金融深化合作又邁進了關鍵性的一步，並將促進兩岸投資貿易和人員往來便利化，推動兩岸經濟合作及其他領域交流深化發展，這也成為兩岸進入經濟一體化的重要里程碑。目前兩岸金融合作既存在政策性障礙，也受金融監管、金融法規及金融統計等技術因素不對接的影響，需要專業化協商推動建立相應機制和制度通道。《備忘錄》的簽署就是其中制度性突破的重要環節，而兩岸貨幣清算機制，首先解決了兩岸金融界在業務合作技術層面上的對接問題。隨著清算機制的建立，兩岸金融機構的貨幣合作業務往來必將有助於兩岸金融業累積互信，全面建立競爭與合作夥伴關係。
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