但是上世紀90年代的蘇東劇變使得上述情況有所改變。伴隨世界民族分離主義運動發展，泛突厥主義者認為這是一次聯合“突厥民族”的大好時機。右翼民族主義政黨和伊斯蘭政黨的“突厥民族”情節開始影響政府導向。他們企圖以相似的歷史文化、語言和血緣為紐帶，將所謂“突厥民族”的生存範圍從小亞細亞半島伸展到中亞諸多“突厥語國家”，野心甚至涵蓋阿富汗和中國新疆。他們認為有責任幫助中亞“突厥語國家”在政治模式、經濟和社會發展方面取得良好的發展成就。
中亞部分民族語言發音與土耳其語存在百分之四十不等的相似性，但實際上土耳其人的血緣關係與中亞國家民族，與中國新疆的維吾爾族，已經了很遠。中亞地區民族血緣關係原本就極為複雜，存在蒙古、波斯、烏茲別克、斯拉夫、朝鮮等多種類型，極少數突厥移民根本不可能代表地區人口血緣。中亞國家樂於與土耳其發展經濟關係，承認語言存在的部分相似性，但同樣不認為自己在血緣上屬於“突厥民族”。所謂血緣相近相同的“突厥民族”在小亞細亞半島之外的其他地區並不存在。這既是歷史也是現實。
土耳其一方面不顧國家實力盡力去援助中亞地區的“突厥語國家”，同時卻在處理國內民族問題時遭遇尷尬和不佳效果。土耳其長期秉承“民族劃一論”方針處理民族問題，即只承認一個土耳其族，拒絕承認國內庫爾德民族的少數民族特性，一度將其稱為山地土耳其人，剝奪了其使用本民族語言等基本權利，有悖於世界對待少數民族的基本原則，這是導致庫爾德問題至今未獲圓滿解決的主要原因。該問題使土在經濟發展、政治穩定、人民生命財產乃至國際影響方面背上沉重包袱。1974年至1999年“庫爾德工人黨”武裝使土陷於嚴重內亂和對抗，造成1500億美元經濟損失、3-4萬人死亡。庫爾德族多年反抗促使土當局有所覺醒，為靠攏歐盟的人權標準，土耳其逐漸認識到強行鎮壓同化的弊端，開始制定並通過認可少數民族權利的法案，民族糾紛尖銳程度有所緩解。
在中國新疆地區內外活動的“東突厥斯坦伊斯蘭運動”等三股勢力，是聯合國和國際社會早就認定的恐怖組織。2002年4月，聯大通過的《打擊向恐怖主義提供財政資助的國際公約》生效。同年9月11日，聯合國安理會正式將“東突厥斯坦伊斯蘭運動”列入安理會公佈的恐怖主義組織和個人名單。有關國家的某些勢力對此不該態度曖昧，應該在原則問題上言行如一，共同合作打擊恐怖主義。 |
