李明杰與付玉表示，該協議不限制協力廠商的權利，也就是說，“台日漁業協議”只對台灣和日本的漁船有約束力，協力廠商船隻，包括大陸的漁船在協議海域仍可按原來的方式作業，不應受到任何影響。對在該海域的其他性質的船隻，如公務執法船、海洋調查船、油氣勘探船等作業和活動也不產生任何影響。
李明杰與付玉表示，透過該協議日本可以專心應對大陸執法船。從2012年以來，日本在釣魚島海域面臨兩岸執法船和漁船的多重壓力。對於日本海上保安廳而言，相對於政府公務船，漁船更難於應對。日本的目的之一即為簽訂漁業協訂後，台灣海巡署執法船約束台灣漁船，日本海上保安廳可集中力量應對大陸執法船。另外，單從協定本身來看，協定只對台灣和日本的漁船有約束力，協力廠商漁船在協議海域仍可按原來的方式作業。但協定簽訂後，有可能為製造兩岸之間製造矛盾。李明杰與付玉舉台灣海巡署長王進旺就表示“將驅離到27度以南作業的大陸漁船”的談話為例，認為如果未來大陸與台灣之間如果因釣魚島漁業問題引發海上磨擦，將正中日本的奸計。
另外，台日漁業協定也給了日本可以海上執法範圍的藉口，該協議雖然突破了台灣劃定的“暫定執法線”，也超過了日本主張的中間線，向中間線以西延伸了10-20海里，面積約為6190平方公里，這意味著該協議也給了日本海上保安廳突破中間線執法的藉口
這次漁業協定的簽訂，日本也達到了混淆國際視聽的目的。不僅使日本不費一槍一彈就化解了來自台灣一方的維權力量，還將中日間因日本“購島”而激化的島嶼主權爭議引向漁業資源開發。這可能給國際社會帶來一個錯覺：日本愛好和平，致力於維護地區穩定，十餘年的漁業爭端都可以解決。以此反襯和詆毀中國大陸在釣魚島的維權執法。
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