與會的兩岸學者也表示，在台日漁業協定問題上，日本是基於中國大陸的強力維權作為，才迫使日本在台日漁業問題上願意簽署。
大陸學者也認為，對大陸解決東海及釣魚島問題造成負面影響。因為釣魚島問題涉及大陸、台灣和日本三方的海洋政策和海上劃界主張，中國大陸與日本間釣魚島主權爭議及與之相關的專屬經濟區和大陸架劃界、海域資源共同開發等問題仍將長期存在 。“台日漁業協定”的簽訂，為目前複雜的東海和釣魚島問題增加了一個新的不確定因素。
大陸學者從國際法的觀點提醒台灣，由於台方在協定談判過程中多次強調釣魚島周邊海域是台灣傳統漁場，意即台灣享有傳統捕魚權。如果台灣方面一再強調傳統漁場和傳統捕魚的權利而不堅持其捕魚權由釣魚島主權而產生，則是本末倒置，只關注漁業資源權利，而間接承認日本對釣魚島的主權和對釣魚島海域的管轄權，因而落入日本的圈套。
雖然協議第四條明確了不影響雙方各自對釣魚島主權的主張，但這可能只是日本的權宜之計，暫時模糊了台日間的釣魚島主權之爭。台灣部分學者也表示，特別是最近日本右翼團體侵入12海浬時，已經違反漁業協定，台北方面“外交部”卻沒有表達出抗議，如果台北方面船隻或保釣團體以後不得再進入12海浬時，就等於落入“以漁權換主權”的事實了。
兩岸統合學會張亞中理事長提醒，雖然台日漁業協定是一個具有“官方”性質的協定，但是由於它的形式上仍然是一個有關漁業資源保護與開發的非官方正式文件，是否具有國際法上的條約性質和效力來處理第四條所影射的“主權”問題？值得再思考。日本是否未來會以該協定其實無權改變日本對釣魚台列嶼的主權為由而不認帳？值得關注。 |
