兩岸和平協議是“在一個中國原則的基礎之上”協商達成的和平協議。一個中國原則的核心是海峽兩岸在主權與領土上的同一性或重叠性，即“大陸和台灣同屬一個國家”，也就是“一中架構”。某種意義上可以說，兩岸和平協議是“一中”換“和平”的協議，海峽兩岸共同確認“一中架構”是簽署兩岸和平協議是的政治前提。2013年6月13日，中共中央總書記習近平會見中國國民黨榮譽主席吳伯雄，吳伯雄表示：“兩岸各自的法律、體制都實行一個中國原則，都用一個中國框架定位兩岸關係，而不是‘國與國’的關係”。2013年7月20日，習近平電賀馬英九當選中國國民黨主席，馬英九在複電中表示：“1992年，海峽兩岸達成‘各自以口頭聲明方式表達堅持一個中國原則’的共識”。海峽兩岸對於“一中架構”、“92共識”的共同認知越來越清晰，一致立場越來越明確，在事關兩岸政治定位的“一個中國原則”的核心問題上找到共同表述空間的可能性越來越大，這就為兩岸協商和達成和平協議建立了可能的政治基礎。但是，不可否認，海峽兩岸對於一個中國的內涵仍是有分歧的。台灣當局主張的是“一中各表”，強調“中華民國”的存在；台灣當局仍然強調“各表”的分歧，主張“互不承認主權、互不否認治權”。台灣當局簽署和平協議的目標是維繫“中華民國”的生存與發展。兩岸對於“一個中國原則”的共識仍舊局限在主權層次，在政權層次仍然難以達成共識，因此，政權層次的爭議，即“國號”等問題的爭議，仍舊必須擱置。
三、兩岸和平協議的程序性問題
可以預見，海峽兩岸在和平協議的協商過程中會有很多分歧，台灣方面會要求在和平協議中達到“互不否認”的政治目的，會要求解決台灣當局的國際活動空間問題，以及大陸撤除對台導彈部署問題，試圖在主權層次取得突破，涉及到敏感的兩岸關係以及台灣政局。因此，對於兩岸和平協議的協商進程，應當要從長計較，不必有時間表，不必急於求成。
兩岸和平協議包括程序性問題與實質性問題的處理。程序性問題包括談判的主體、談判的形式、談判的時間、談判的地點、談判的進程、簽署的儀式、生效的方式等等。有時程序性問題與實質性問題是相互聯繫的，如談判主體的確定問題。程序性問題也應當作出妥善的安排，使兩岸和平協議在兩岸關係和國際宣傳中產生最大的效用。
兩岸和平協議的談判形式既可以採取雙方都派代表團的形式分議題分階段分次協商，也可以採取雙方都派代表共同組成某種會議的形式定期協商；既可以是臨時性的談判組織，也可以是長期性的談判組織。協議的形式無論採取何種名稱，如協議、協定、文件、宣言、公報、備忘錄、議定書等，都應當具有相同的拘束力。
兩岸和平協議的進程，可以具體分為議題階段、程序安排階段、實質談判階段、簽署協議階段、生效實施階段。目前處於議題階段，可以由兩岸的學者專家及社會各界就相關的議題展開充分的討論，相互試探，醞釀氛圍，設計方案。在程序安排階段，可針對談判的主體、形式、地點、內容、順序、生效程序進行磋商。在實質談判階段，針對相關議題逐項商談達成共識。在簽署協議階段，應舉辦相關的儀式，營造國際國內宣傳的效應。在生效實施階段，應當取得兩岸民眾的充分支持，在程序上符合法律規定，防阻違背協議的行為。
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