在實體上，兩岸和平協議解決現階段兩岸關係中的核心問題和主要問題，其中包括一個中國架構的明文化、結束敵對狀態、促進兩岸官方交流、軍事安全互信機制等重要事項。主要內容應當包括：
1.在和平協議中確認兩岸關係的現狀，即“儘管兩岸尚未統一，但大陸和台灣同屬一個中國的事實從未改變”。
2.在和平協議中建立“堅持一個中國原則”與“以和平方式處理兩岸關係”的鏈接，兩者相互依存。
3.在和平協議中確立兩岸結束敵對狀態的宣示。
4.在和平協議中規定促進兩岸政治、軍事、安全交流的機制和方向。
5.在和平協議中表達對台灣民眾合法權利和利益的尊重。
6.在和平協議中確認建立海峽兩岸軍事安全互信機制（CBMs）。
7.在和平協議中載明違背協議的處理機制。
在現有的學者的相關研究中，已經有多個“兩岸和平協議”的具體文本，包括漢江大學法律系教授餘元洲草擬的“兩岸和平協議草案”，其缺點是把“中華人民共和國”與“中華民國”並立，脫離了兩岸關係的現實。2008年，前海基會副董事長兼秘書長邱進益曾經提“台灣海峽兩岸和平合作協議”草案，分為前言與條文兩大部分，全文共有11條，內容較為簡略，有關投資保障和“三通”等內容現在都已經實現，不宜再列入和平協議條文之中。台灣學者蘇嘉宏也曾試擬“兩岸和平協定之基本條款”，全文共有10條，主要規範兩岸軍事互信機制，要求“為避免兩岸持續進行軍事對峙，由大陸地區之沿海和台灣地區之金門、馬祖之當面起，至浙江省南部、福建省、廣東省北部等內陸五百公里，劃定緩衝中間地帶；在此緩衝中間地帶內，兩岸當局得對彼此的軍事武力之數量及所有軍事活動等，進行協調管制。”這樣的規範無疑是解除大陸武裝，未免顯示公平。2005年，親民黨也曾草擬“兩岸和平促進法草案”，規劃由台灣立法機構單方立法，但並沒有實現。2007年，聯電董事長曹興誠主張台灣當局通過“兩岸和平共處法”，以“統一公投”消弭“台獨公投”的主張。此外，美國學者李侃如 （Kenneth Lieberthal） 曾經提出“五十年過渡協議”，綠營學者郭正亮提出過“兩岸聯立五十年”的方案，美國國防大學學者Phillip Saunders也曾經研究過兩岸和平協議問題。相關的研究雖然未盡符合兩岸現實，有些建議卻可以作為參考。
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