儘管翟學軍及律師多次提出異議，齊嶼仍於2012年10月22日被刑拘，11月5日被批捕。2013年2月5日，齊嶼被移送審查起訴，在經過一次退回補充偵查之後，4月18日重新移送審查起訴。5月17日，雙陽區檢察院向雙陽區法院提起公訴。
根據刑訴法規定，法院受理案件後，應在3個月內審結。8月16日，是齊嶼案受理期限的最後節點。就在這天，檢察院突然向雙陽區法院提出撤訴，法院當天作出裁定：准許撤訴。
對於突如其來的撤訴，齊嶼方面冷靜看待，並提出上訴。齊嶼認為，雙陽區法院沒有在裁定書中列明檢察院撤訴的事實和理由，且未宣示案件處理的後續程序，是對其合法權利的漠視和侵犯。其上訴請求包括：撤銷一審裁定，指令雙陽區法院認定雙陽區檢察院對本案沒有管轄權，立即將她釋放。
翟學軍稱，檢察院撤訴前，他已打聽到，此舉另有深意：“撤訴是準備將齊嶼案和安桐森案並案起訴，從‘形式上’解決案件管轄權的問題。”
2013年9月3日，長春市中院作出裁定：駁回齊嶼的上訴，維持原判。裁定認為撤訴有理，但未回答案件管轄權問題。裁定書稱：“上訴人齊嶼的訴訟權利未受到傷害，其裁判結果和訴訟程序並無不當。”
9月3日當天，長春市檢察院決定對齊嶼案和安桐森案並案偵查。經歷一次審查起訴和退回補偵之後，當年12月11日，此案訴至長春市中院。
變更起訴
拿掉3項指控
落款為2013年12月11日的吉長檢刑訴（2013）203號起訴書顯示，齊嶼原系吉林省工商銀行一名客戶經理，其涉案的135畝土地交易，分別是70畝和65畝兩宗地塊。
據齊嶼在法庭上自述，上世紀末開始，她利用多年積蓄，在海南省澄邁縣投資土地開發。
起訴書對齊嶼有3項指控。其一，偵查機關查明安桐森和齊嶼共同貪污公款357.5萬，共同以1400萬元價格非法轉讓、倒賣135畝土地使用權。
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