共管區的屬地管理事務實行粵澳合作雙重管理體制，中央垂直管理的海關邊檢等事務不屬共管範圍。原橫琴新區管理委員會及其工作部門被撤銷，新組建的橫琴粵澳深度合作區管理委員會、執行委員會及其九個工作部門，以及新設的中共廣東省委橫琴粵澳深度合作區工作委員會和廣東省人民政府橫琴粵澳深度合作區工作辦公室兩個派出機構，在各自職權範圍內，分工合作。前者負責對共管區的國際推介、招商引資、產業導入、土地開發、項目建設、民生管理等事務進行決策和管理，後者負責共管區的黨的建設、國家安全、刑事司法、社會治安等工作。
從《廣東省人民代表大會常務委員會關於橫琴粵澳深度合作區有關管理體制的決定》（2021年9月17日）看，橫琴粵澳深度合作區管理委員會並非對外履行職能的行政主體，而是內部的領導機構；執行委員會及其工作部門才是對外履行職能的行政主體。執行委員會依法承接原珠海橫琴新區管理委員會有關權利和義務，其所屬工作部門根據授權或受委託享有廣東省人民政府及其有關部門以及珠海市人民政府及其有關部門享有的有關省級、市級管理權限，包括行政管理權和地方規章制定權。執行委員會的主要負責人由澳門政府委派，執行委員會和工作部門的公務員也由澳門公務員和內地公務員組成。這種以澳門為主導的雙重管理體制確實是對“一國兩制”原則的創造性適用和突破性發展。
澳門實行自由港、自由匯兌、網絡自由和低稅制度，從功能主義立法角度，對本應適用於共管區的經濟行政、稅收、勞動和社會保障法律、行政法規的調整和變通立法，促進共管區與澳門之間更進一步的跨境人員、貨物、資金、數據的有序自由流動，使得共管區工作生活的澳門居民享受如同澳門境內一樣的勞動和社會福利保障，是正在進行且未來可能不斷取得突破的制度變遷。 |
