1、投資上限問題
針對投資上限問題，民進黨“立委”洪奇昌與親民黨“立委”劉憶如共同在“立法院”提案，將原本分級限制的企業投資大陸比例修正為一律以40%為上限；而按台“經濟部”制定的“在大陸地區從事投資或技術合作審查原則”規定，實收資本在50億元新台幣以下的是40%，50億元新台幣以上是30%，100億元新台幣以上部分適用20%。也有民進黨“立委”郭正亮認為，台“行政院”在“經續會”上已承諾放寬投資大陸上限，因此，要給當局產業規劃空間，對投資上限應視企業類別進行個案處理，如：主機板、個人電腦等可以放寬。另有民進黨“立委”蔡其昌也表示，就依產業類別區分投資上限建議，“立院財經委員會”曾在今年5月邀“陸委會”交換意見，“行政院副院長”蔡英文、“陸委會主委”吳釗燮都同意這項建議，無奈台聯反對，才擱置至今。隨著台灣企業創造出越來越多規避當局投資上限管理的做法，台當局在今後可能不得不在投資上限問題上採取更加靈活的措施，但受政治因素制約，台當局仍以“國家安全”為由不全面放開投資大陸上限。
2、產業技術轉移大陸管制方面
由於科技的發展越來越迅速，導致中國大陸市場的技術競爭環境也越來越激烈。由於台灣當局嚴格的技術管制，台商向其在大陸企業的核心技術轉移困難重重，台灣在大陸的高科技產品市場面臨著歐美大企業日益嚴峻的競爭。為了緩解與台灣業者的矛盾，台當局準備將原有的明定制程管制做法修正為參考國際規則，即：參考33個世界主要國家聯合制定的關於管制敏感高科技輸往中國大陸、朝鮮、伊拉克等國家的“瓦聖納協定”，通過與所謂國際規範接軌，來避免內部的政治紛爭，這實際上是對原有技術管制規範進行了更富有彈性的處理。以台灣核心產業半導體制程標準為例，原規定投資大陸應以0.25微米制程晶圓廠為主，現依2004年12月“瓦聖納協定”而議，可放寬至0.18微米。當然，台當局的放鬆技術管制是有限的，台“經濟部”在放寬技術管制的同時將根據“立院”台聯黨團建議，採取配套措施加強對企業的管制。如：要求上市公司西進大陸投資後，應提出季報說明部分，在半導體產業上強化管制內容。
3、兩岸三通直航方面
台灣社會普遍認為，兩岸直航三通是打開台灣產業及經濟發展瓶頸的關鍵，這一點即使是台灣“戒急用忍”政策的推動者、台灣智庫董事長陳博志和民進黨“台獨”大佬林濁水也不否認兩岸直航的迫切性。但直航議題涉及雙方必須就航權問題進行談判，這就需要公權力的介入，台灣當局認為直航即意味兩岸經貿關係正常化。在目前兩岸政治對立的僵持局面下，直航是與大陸政治角力的議題、鬥爭的工具，不能輕易放棄。因此，台當局總是將有條件直航作為阻擾兩岸三通的藉口，而這些條件涉及所謂“台灣安全”、“台灣主體性”、“台灣整體利益”維護等等，根本不是短時間內兩岸能解決的。但是，面臨島內廠商和美國、歐洲商會的巨大壓力，民進黨當局未來在兩岸三通問題上會採取小步碎走的方式，在兩岸貨運便捷化和加大兩岸客運包機頻率方面做出一些新的姿態，如擴大“小三通”範圍，推動兩岸周休二日包機、增加貨物定點直航港口以及通過“自由貿易港區”建設“兩岸直航”載體等，以緩解島內廠商及跨國企業在兩岸物流上的不暢狀態。
4、在兩岸服務業互動方面
兩岸服務業互動目前主要表現在旅遊業、金融業等部分，台灣當局準備開放對台有利的島內觀光部分。據台灣日商大和國泰證券的調查，開放大陸客赴台觀光可為台帶來每年直接消費商機約有300億元新台幣，有利於提升台灣就業率和民間消費。在金融業部分，由於在大陸投資的台灣廠商為了規避當局管制，紛紛選擇在香港上市，使島內居民投資正迅速升值的大陸資產機會減少。為了緩解民眾不滿，台“金管會”擬將香港聯交所列入合法投資市場，以此吸引在港掛牌的台資企業回台發行存托憑證，讓其在台股市籌資，以增加台股上市櫃掛牌家數，同時也使台灣居民可以合法購買港股。島內投信公司也可設立香港基金，集中台灣居民資金投資港股，在台銷售的境外基金也不再有投資港股的比例限制。
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