張亞中因而認為，從以上軍事互信機制的條件與功能來看，它並不適用兩岸和平發展的思維：
第一，兩岸的核心問題就是主權的爭議。在台灣內部仍有主張“台獨”或“獨台”這兩種在本質上是屬於分離主義論述的存在，使得兩岸在核心問題上缺乏共識。核心問題如果沒有共識，任何軍事互信或CBMs的機制都將只是沙中之塔，是極為脆弱的。
第二，兩岸在軍事力量的差異。由於兩岸軍事力量存在著差異，台北在與北京談軍事互信機制時，希望華府可以第三方立場並存或見證，讓台北比較有安全感，但是北京應該是不會接受這種讓美國公開介入兩岸的方式。如果我們從實力相近者才有可能形成軍事安全互信機制這個命題來看，兩岸目前希望建立軍事互信機制的思維方向似乎有些偏了。
張亞中說，兩岸近十餘年來在軍事安全互信機制上的倡議沒有結果，正反映出以上的困境。從李登輝在1998年開始倡議軍事安全機制開始，經歷陳水扁執政時期，均是以西方式的國家與國家間的“信心建立措施”思維推動。馬英九雖然在2008年大選前主張兩岸要建立軍事互信機制，但是2009年中期以後已經不再主張。回顧這段歷史過程，兩岸的軍事互信機制從來沒有認真地被對待過，都只是說說而已。在最核心的兩岸政治定位沒有能夠解決以前，雙方的談話，有的是希望強化兩國論，有的是希望表達善意，有的堅持條件，有的是說說而已，結果都注定是徒勞無功。問題在於整個西方的軍事安全機制思維並不適合於兩岸的特殊情形。即使現在有了一些低階性的軍事互信機制，它也無法升級，也更有可能隨時中斷。
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