第一集“千年巨變”。我們以在台北的國父紀念館為開場的場景，這是在辛亥百年時刻對孫中山先生的致敬。畫面然後轉到北京的紫禁城，開始一段不會令人舒服的百年中國歷史，以歷史的脈絡，探索中國在面對西方帝國主義文化、價值與船堅砲利衝擊時，所面臨各種啟蒙救亡圖存的嘗試。“千年巨變”指的是中國面臨到西方所帶來千年未有的巨變，以及從專制走向共和的千年巨變。
第二集“萁豆相煎”。我們用台灣知名歌仔戲楊麗花的“洛神賦”開場。“煮豆燃豆萁，豆在釜中泣。本是同根生，相煎何太急”不僅是所有中國人所熟悉的家庭悲痛，更活生生的在歷史中不斷重演。軍閥相殘、國共相煎，是從民國初年到對日抗戰期間大陸這塊土地上演的戲碼。在大陸“萁豆相煎”的同時，台灣卻是經歷企圖跳離日本這個釜鑊的萁豆；在北京大學高唱拋棄傳統學習西方的民主科學時，台灣的同胞卻在日本皇民化教育下堅守著漢文與傳統文化。主義、路線是這個時代的時髦詞彙，但是內鬥、流血卻是這段歷史的真實面貌。
第三集“烽火滄桑”。我們從大陸觀光客在阿里山欣賞日出開始。阿里山有著大陸人民對台灣的想像，這裡的神木是日本神社喜歡的棟樑。阿里山有著大陸、台灣與日本人民三方的共同歷史記憶，只是彼此的記憶角度不同。“烽火滄桑”這一集，從對日抗戰到國共內戰結束，1949年國民政府到台灣為止。這段歷史可以看到民國成立以後，中華民族第一次全民大團結；也看到兄弟間最後如何反目成仇。這是一段極具戲劇張力的歷史，故事從盧溝橋的抗日號角開始，但是結果卻是百萬人民橫跨台灣海峽，展開中國歷史上的最大遷移。中華民族以大團結渡過亡國危機，但是又因路線與私利繼續撕裂。
第四集“陽關獨木”。蘇秦和張儀，孫臏和龐涓，這兩對都是同班同學，他們也都是鬼穀子的信徒。前兩名學生分別用不同的理論相互對抗搞得天下大亂，後兩名則反目成仇，分別效忠不同主子而展開生死之鬥。這就是1949年以後兩岸的寫照：“你走你的陽關道，我過我的獨木橋”。我們請大陸西安的皮影劇團為本集開場。大陸與台灣，一個往左、一個往右。大陸開始其共產主義路線的實驗，台灣則走上以三民主義的號召的資本主義道路。大陸經歷了三面紅旗、文化大革命，台灣則是成功地完成土地改革，經濟起飛。雙方雖然在台海兩岸各自陽關獨木，但是在紐約的聯合國，以及全球的外交戰場，卻仍是近身搏鬥。當蔣介石與毛澤東這兩位強人分別過世時，追求現代化道路的陽關獨木也漸漸走向尾聲。
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