2000年5月20日，台灣首度發生政黨輪替，拒絕承認“九二共識”和奉行“台獨路線”的民進黨陳水扁當局上台執政，台灣當局南海主張發生實質性變更。2005年12月15日，陳水扁當局廢除了《南海政策綱領》，停止在南海斷續線內主張“歷史性水域”，導致南海斷續線內海域法律地位不明。緊接著，2006年3月6日，扁當局終止“國統會”運作，並廢除《國家統一綱領》。至此，尚存的南海斷續線法律定義（固有疆域界線）與“1947年憲法”第四條（國土）的法律關係開始脫節。
2008年承認“九二共識”的國民黨馬英九上台，其兩岸路線回歸一中原則，曾一度阻止了台灣當局南海主張進一步“台獨化”，但馬英九當局）任內未進行撥亂反正，如恢復已經廢除的《國家統一綱領》和《南海政策綱領》。更不幸的是，其任內發生了非法的“南海仲裁案”，美國逼迫馬當局掣肘中國大陸在南海維權，承壓之下的馬英九當局竟私下將“第06161號令”的地圖名稱，從“固有疆域界線”偷換為“傳統U形線”，等於掏空了南海斷續線的法律內涵。⑤總體上，馬英九當局任內八年雖保留了南海斷續線並明確堅持線內四大群島的領土主權，但因南海斷續線的法律地位被篡改且未進行撥亂反正，其海域主張部分已經完全空洞化。
（三）蔡英文時期，台灣當局殘存的南海主張及邏輯轉變
2016年5月20日，原來李登輝時期的“台獨小組”負責人蔡英文成為台灣地區領導人，奉行“台獨路線”的民進黨二次在島內執政。同年7月12日非法的南海仲裁案出台最終結果，從三方面支持了菲國訴求：（1）裂解中國“以南沙群島整體主張海域權利”，整個南沙群島的海上地物（包含太平島）均非具備完全權利的島嶼，不能主張專屬經濟區和大陸架，僅有幾個“岩礁”可主張十二海里領海；（2）部分海上地物被降格為“低潮高地”（包含仁愛礁），不能主張領土主權及領海（遑論專屬經濟區和大陸架）；（3）裁定中國的斷續線主張沒有法律基礎，否定中國在斷續線內主張歷史性權利（包含歷史性水域）的合法性。⑥
裁決結果同樣波及了台灣當局實質控制的太平島（降格為“岩礁”），蔡英文當局被迫有所回應。對比馬英九時期的南海權益主張聲明，蔡英文當局之主張可謂“消極隱晦”，帶有“隱性台獨”特徵。
2016年7月12日最終裁決結果出爐後，“總統府”、“行政院”、“內政部”、陸委會都發布聲明表示無法接受，稱該案對台灣當局無法律拘束力。除此之外，還提出某些海洋權利的具體主張，重點在於伸張太平島屬於“自然島嶼”及“具備完全權利的島嶼”，可以主張專屬經濟區和大陸架。就此主張的依據而言，則僅表述依據國際法等法理。相較之下，陸委會於2016年7月12日的立場聲明相對較強，至少援引了1947年的《南海諸島位置圖》和提及了南海諸島的具體四大群島等權益內容。 |
