1995年承星雲大師之命，協助興辦佛光山所屬的南華大學。我的政府工作劃下句點，開始了專職的學術工作，這是我從工程師轉到外交官後的第二次人生轉折。
1996年台灣進行第一場“總統”大選，星雲大師希望我多為陳履安先生幫些忙，這也使我因緣際會地投入了這一場歷史性的選戰，從1995年秋起，擔任陳履安陣營的政策總幹事。我還記得，為陳履安所準備的白皮書有關兩岸部分，就是主張“整個中國”與兩岸成立“共同體”，這其實也是我多年的研究的心得，希望能夠透過“總統”大選，讓理性與互利的兩岸關係論述能夠有效傳播。不過，理性的呼聲比不過情緒性的渲染，當時的李登輝是東方不敗，任何人都不是他的對手，他已經成功地激發了台灣與大陸的對立，兩岸從同為中國人已經快速地往“我是台灣人”滑動，北京對台北在國際組織的打壓、飛彈試射，都為李登輝催出一張張的選票。理性的政策討論不僅沒有必要，甚而是多餘。李登輝輕鬆地贏得了那一次的選舉。
選戰結束，我繼續南華大學的建校工作。自1996年秋起，除了擔任南華大學亞太研究所所長外，亦開始積極撰文立論，分別在國際關係、歐洲研究與兩岸關係方面著手，在兩岸關係方面，從1998年到2003年間陸續地完成了《兩岸“主權”論》、《兩岸統合論》、《全球化與兩岸統合》等三本書，完整地建構了兩岸關係的思想體系。在這個體系中，我提出“整個中國”、“第三主體”、“重疊認同”、“兩岸統合”、“兩岸治理”、“兩岸三席”……等概念。
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